Ekosystem Sp. z o.o. została utworzona w dniu 5 czerwca 2012 r., na podstawie Uchwały Nr XXVI/584/12 Rady Miejskiej Wrocławia z dnia 17 maja 2012 r. w sprawie utworzenia spółki Ekosystem Spółka z ograniczona odpowiedzialnością.

Kapitał zakładowy Spółki wynosi 14 311 000 zł.

Jedynymi wspólnikami spółki są Gmina Wrocław (14 013 udziałów o łącznej wartości 14 013 000 zł) i Miejskie Przedsiębiorstwo Wodociągów i Kanalizacji S.A. (298 udziałów o łącznej wartości 298 000 zł).